Podnošenje dokumenata se obavlja elektroničkom razmjenom standardiziranih poruka sa Carinom.

Svaki postupak ima drukčiji skup poruka koje se razmjenjuju sa carinskim sustavom, a vezan je za posebnosti svakog postupka.

Elektronička razmjena poruka između eCO-a i carinskog sustava odvija se putem G2B servisa. U eCO-u se poruke (dokumenti) razmjenjuju sa carinskim sustavom bez potrebe za korištenjem drugih programa.